口腔内には500から600種類以上、菌数としては100億以上の非常に多くの細菌が生息しています。また、生息している場所も唾液中や歯の表面、歯肉溝、舌背、頬粘膜などその場所に適応した細菌が生息しています。例えば、歯肉溝は嫌気性度が高い（酸素が少ない）ので、嫌気性菌が中心となって生息しています。

口腔内の細菌は乳酸菌が多く生息しています。唾液中や舌背は乳酸菌であるStreptococcus salivariusが、頬粘膜はStreptococcus mitisが多く生息しています。
虫歯の原因となる細菌も、Streptococcus mutansという乳酸菌です。